Das Gebiet rund um Widdersdorf wurde im 8. Jahrhundert besiedelt und erstmals im Jahre 1109 urkundlich erwähnt. Das mittelalterliche Leben war geprägt durch die Grundherrschaft geistlicher Institutionen. In Widdersdorf bestand der Ortskern aus drei großen Höfen, die alle drei im Besitz der Kirche waren. Das Kölner Damenstift St. Maria im Kapitol besaß den Burghof und das Kölner Dominikanerinnenkloster St. Gertrud den Mertenshof und den Tönneshof. Die Höfe wurden an Bauern meist gewinnbringend verpachtet. Die Pächter hatten im Dorf sehr viel Ansehen, da die meisten Bewohner nur kleine Bauern oder Tagelöhner waren. Weniger Grundbesitz als die Kirche hatte der Adel. So besaß z.B. die Familie Brassart, daher auch heute der Name Franz Brassart Str., den Turmhof.
Im 17. Jahrhundert fiel Widdersdorf in Bezug auf das Zivil- und Strafrecht in den Herrschaftsbereich von Brauweiler.
Gegen Ende des 18. Jahrhunderts verbesserte sich die wirtschaftliche Situation der Bauern, denn am 09.06.1802 wurde von Napoleon durch Konsularbeschluß die Aufhebung der rheinischen Klöster und Stifte angeordnet. Somit wechselten die geistlichen und adligen Besitzungen auch in Widdersdorf ihre Besitzer. Landwirte übernahmen die großen Höfe.
Widdersdorf gehörte 1816 der Bürgermeisterei Freimersdorf zusammen mit Brauweiler, Dansweiler, Freimersdorf, Sinthern und Vogelsang an. Im Jahre 1851 wurde der Name Bürgermeisterei in Gemeinde Freimersdorf geändert, dessen Amtslokal von 1851 bis 1855 in Widdersdorf lag und danach nach Brauweiler verlegt wurde.
1927 wurde die Gemeinde Freimersdorf zur Gemeinde Brauweiler. Widdersdorf war damals einwohnerzahlmäßig eher klein, aber es wurden in den 20er und 30er Jahren doch einige Vereine gegründet, die zum Teil heute noch einen wesentlichen Teil des Dorflebens ausmachen. Es gründete sich der Musikverein Harmonie( Auflösung 1987), 1927 die DJK Teutonia und Anfang der 20er der Radfahrverein.
Am 01.10.1934 wurde die Gemeinde Brauweiler mit den Orten Brauweiler, Dansweiler, Freimersdorf, Sinthern, Gut Vogelsang und Widdersdorf in das Amt Lövenich eingegliedert. Der Amtssitz war damals in Weiden. 1937 wurde das Amt in Amt Weiden umbenannt, jedoch blieb Brauweiler, also auch Widdersdorf, eine ausgegliederte selbstständige Gemeinde im Amt Weiden. 1951 wurde das Amt Weiden aufgelöst und die Gemeinden Brauweiler und Lövenich waren selbstständige Gemeinden. Der Verwaltungssitz der Gemeinde Brauweiler war in Brauweiler. Durch die kommunale Neuordnung im Jahre 1975 wurde Widdersdorf ein Stadtteil von Köln.
In den siebziger und achtziger Jahren gab es in Widdersdorf sehr viele Neubaugebiete. Widdersdorf war auch damals schon interessant als Wohnort für junge Familien, die lieber im Grünen wohnen wollten, aber trotzdem stadtnah. Die Einwohnerzahl spiegelt diese Attraktivität wieder. Im Jahre 1995 zählte Widdersdorf 4.998 Einwohner, 2004 ca. 6.857 und Anfang 2011 sind es schon 8.024 Einwohner. Insbesondere durch das Neubaugebiet Widdersdorf-Süd wuchs die Einwohnerzahl auf über 12.136 an. (Stand: Ende 2016).